赤土等流出問題は、沖縄本島北部や八重山諸島で、山地を開拓してパインアップルを栽培し始めた、昭和30年代ごろから目立ってきました。

沖縄県が日本に復帰した昭和47年（1972年）の本土復帰以降は、沖縄の土壌や気象、地形的な特性を考慮せず本土の開発方法で行われた開発工事によって、雨が降るたびに大量の赤土等が海に流れ出ました。
さらに米軍の実弾砲撃演習等によって、山地の表土がむき出しになった所も流出源の一つにつながりました。

この頃から、水産業関係者を中心とした赤土等流入規制への機運が高まり、平成6年（1994年）には「沖縄県赤土等流出防止条例」が制定（平成7年施行）されました。
この条例は、工事に伴って発生する赤土等の流出を規制するとともに、土地の適切な管理を促進することなどによって、赤土等の流出による水質汚濁の防止を図っています。

そして、平成25年（2013年）には「沖縄県赤土等流出防止対策基本計画」を策定し、海域に「環境保全目標」、陸域に「赤土流出削減目標量」を設定し、具体的な目標が示されました。

基本計画では、県内海域に76の監視海域を定め、そのうち重要なサンゴ礁があるなどの基準で22の重点監視海域を定めています。
76の監視海域では、平成33年度（2021年度）までに赤土等流出量を約9万3千トン削減することが目標としています。
また、22の重点監視海域ではモニタリングを毎年実施しています。

海域区分と陸域区分の指定状況

※沖縄県赤土等流出防止対策基本計画 平成25年9月 沖縄県より抜粋